Có nhiều đánh giá trái ngược liên quan đến cuộc đời của Tôn Thất Thuyết, xuất phát từ quan điểm thời cuộc:

• Nguyễn Nhược Thị, theo quan điểm trung quân của Nho giáo, thì xem việc bỏ Dục Đức, phế Hiệp Hoà, lập Kiến Phúc, tôn Hàm Nghi của Tôn Thất Thuyết là hành động của kẻ "quên lời sách xưa", "chẳng giữ đạo trung", "vì thân", "quyền thần sâu hiểm"...[8]
• Trần Trọng Kim, viết theo quan điểm của thực dân Pháp, thì xem thái độ né tránh tướng de Courcy ở Toà Khâm sứ của Tôn Thất Thuyết là nhát gan[9] và cuộc tấn công Huế sáng ngày 7 tháng 5 năm 1885 ở Kinh thành Huế là "làm loạn".
• Phan Trần Chúc, cũng viết theo quan điểm của thực dân Pháp, thì xem Tôn Thất Thuyết như người độc đoán hiếu sát tàn bạo gần như mất nhân tính[10].
• Ch. Gosselin (Pháp) thì xếp ông vào loại thù địch, kém thức thời và xem việc ông đi Trung Hoa tìm cầu viện là một hành động đào ngũ[11].
• Trong bài vè Thất thủ kinh đô được dân gian lưu truyền suốt thời Pháp thuộc, tác giả đứng trên quan điểm của nhân dân Việt Nam, đã đề cao ông như một anh hùng chống ngoại xâm:

• Đối với những nhà nghiên cứu lịch sử sau năm 1954, trên tinh thần ca ngợi chủ nghĩa yêu nước chống ngoại xâm, thì đánh giá cao nhân cách Tôn Thất Thuyết, trân trọng tấm lòng yêu nước nhiệt thành của ông, ca ngợi sự kiên trì chống Pháp và tận trung với vua Hàm Nghi của ông. Song họ cũng phê bình những sai lầm của ông: không biết dựa vào dân trong cuộc tấn công quân Pháp ở Huế ngày 5 tháng 7 năm 1885, ảo tưởng việc cầu viện nhà Thanh chống Pháp, hoạt động đàn áp khởi nghĩa nông dân của ông trong khoảng 10 năm trước khi về Huế cũng là lỗi lầm khá nghiêm trọng...[12]